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粉碎机和记号笔防水的区别主要在于它们的功能和用途。
粉碎机是一种机械设备，其主要功能是将各种物料进行破碎或粉碎，广泛应用于化工、矿业、建材等领域，对于粉碎机来说，防水性能是其重要的性能指标之一，因为在使用过程中，物料的水分可能会对机器的性能产生影响，因此粉碎机的设计通常具有一定的防水能力，以保证其正常工作。
而记号笔是一种书写及标记工具，主要用于写字或标记重点等，一些记号笔可能具有防水功能，这主要是为了防止笔迹因为接触到水分而模糊或消失，这种防水功能是为了保护笔迹的清晰度和持久性。
粉碎机和记号笔的防水性能是为了应对不同的使用环境和需求而设计的，粉碎机的防水性能是为了保护其机械性能和稳定性，而记号笔的防水性能则是为了保护其书写的清晰度和持久性，它们的区别主要在于其功能和用途的不同。